Un caballero de la Orden de Malta, sir Thomas Barrett, conoce en su juventud a María, una noble italiana que se encuentra accidentalmente en Malta. Ambos se enamoran y tienen encuentros a solas. Los superiores de la Orden lo descubren, y deciden expulsar a Thomas de la Orden por faltar a sus votos de celibato. Veinte años después, sir Thomas, que vive en sus tierras como católico oculto en la Inglaterra de Isabel I, recibe de su antigua Orden el mandato de ir a Malta para defenderla del inminente ataque de los otomanos. Sir Thomas decide acudir, pero en su paso por Londres los oficiales del gobierno le obligan a aceptar a Richard como escudero. Este tiene la misión secreta de recuperar un documento que se conserva en los archivos de la Orden en Malta, cuya revelación podría hacer tambalear el reinado de Isabel I e, incluso, provocar una guerra civil. En Malta Thomas vuelve a encontrarse con María.
El tenor general de la novela es contrario a las enseñanzas de la Iglesia. En primer lugar, se nos presentan los caballeros de Malta poco comprometidos con sus votos, especialmente con el de castidad. El cinismo tiene mucha fuerza a lo largo de las páginas de la novela. Pero lo que más llama la atención es la evolución del protagonista, que va alejándose del cristianismo y de la religión en general cada vez de forma más descarada, hasta considerar la fe como totalmente inútil y causa última de muchos males en el mundo, incluyendo las guerras. Una de las conclusiones más nítidas del libro es que el mundo sería mucho mejor sin religiones.